混沌子核崩解后的宇宙，在文明树的庇护下艰难复苏。然而，暗紫色的能量余烬如同蛰伏的星火，在宇宙的裂缝中悄然复燃。在以「记忆镜像」为文明核心的「溯影宇宙」，储存集体记忆的「镜像回廊」突然渗出暗紫色黏液，所有的历史影像开始扭曲。英雄的功绩被篡改成阴谋，和平的年代被替换成永无休止的战争，居民们的自我认知在虚假记忆的冲击下濒临崩溃。
「元素循环宇宙」则遭遇了生态链的彻底断裂。维系宇宙运转的「元素轮盘」被暗紫色物质侵蚀，地、水、火、风四大元素失去平衡。火山喷发的熔岩不再冷却凝固，而是化作吞噬一切的流动火焰；海洋掀起的巨浪不再退去，而是在空中悬停形成压迫众生的水幕。元素精灵们陷入疯狂，彼此攻击，整个宇宙的生态濒临毁灭。
文明树网络的监测系统频繁发出刺耳警报，量子扫描显示：那些散落的暗紫色余烬正在通过宇宙暗物质层传递信号，它们逐渐汇聚成七个型的「混沌火种」。不完美之种最后的意识碎片在消散前，投射出警告：「火种聚合...混沌重生倒计时...」
雷恩紧急召集新一代觉醒者，启动「余烬清除计划」。但经历多次大战后，文明的力量尚未完全恢复，资源调配捉襟见肘。记忆修复师艾琳带领团队奔赴溯影宇宙，他们携带的「记忆校准罗盘」在面对变异的镜像回廊时频频失灵。深入核心区域后，团队遭遇了由虚假记忆具象化的「幻影守卫」，这些守卫能将攻击转化为记忆中的创伤，直击心灵最脆弱的角落。艾琳发现，唯有找到埋藏在记忆深处的「真实之核」，才能打破这场记忆迷局。
元素使长莱昂率领队进入元素循环宇宙，试图重新校准元素轮盘。他们驾驶的「元素调和舰」在失控的元素风暴中摇摇欲坠，莱昂在与暴走元素的对抗中，意外发现暗紫色物质会干扰元素精灵之间的共鸣频率。他决定利用元素相生相磕特性，构建新的共鸣回路。
雷恩亲自带领精锐部队，追踪混沌火种的聚合轨迹。在一片被称为「虚空坟场」的死寂星域，他们发现七团暗紫色火焰正在向中心汇聚，火焰中隐约浮现出混沌原始意志的虚影：「雷恩，混沌是宇宙的底色，你们的抵抗不过是螳臂当车！」
溯影宇宙中，艾琳的团队在记忆回廊的最深处，历经艰难险阻终于找到了真实之核。当他们将校准罗盘与真实之核连接时，金色的记忆之光与暗紫色的虚假迷雾激烈碰撞，幻影守卫在光芒中逐渐消散。但在摧毁镜像回廊核心的暗紫色黏液源时，黏液突然分裂成无数孢子，试图将整个宇宙的记忆彻底污染。
元素循环宇宙里，莱昂的队成功构建出临时的元素共鸣回路，暂时稳定了部分区域的元素平衡。然而在接近元素轮盘核心时，暗紫色物质突然暴走，将四大元素融合成具有毁灭性的「混沌元素体」。一名元素使为了保护调和舰，牺牲自己化作元素屏障，挡住了混沌元素体的致命一击。
雷恩在虚空坟场与混沌意志展开激战，他挥动凝聚文明之力的存在之剑，却发现攻击被混沌火种吸收转化为更强大的火焰。关键时刻，他引导全宇宙文明对真实与平衡的渴望，凝聚成「真实之火」。当火焰触及混沌火种时，整个星域剧烈震颤，火种开始出现裂痕。
混沌意志在狂笑声中强行加速火种聚合，暗紫色的火焰瞬间暴涨，形成一个巨大的「混沌火核」。火核释放出的高温开始融化空间，雷恩深知这是生死存亡的时刻。他通过文明树网络，号召全宇宙文明将最后的力量注入存在之剑，准备发动决定胜负的一击。而混沌火核表面的纹路不断跳动，预示着新一轮的毁灭即将降临。
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